محمد محسن سازگارا، در سال ۱۳۳۴ خورشیدی در تهران،  در خانوده‌ای با بافت مذهبی_سیاسی به دنیا آمد. پدر وی همانطوری که خودش بارها در مصاحبه ها با شهامت گفنه است .که پدر وی پنبه زن یا به عبارتی لحاف دوز بوده است . وی دوران دبستان خویش را در دبستان دهخدا و دوران دبیرستان را در دبیرستان فیروز بهرام و سپس در دبیرستان البرز تهران گذراند.

 وی رتبه ۹۶ کنکور را کسب کرد و در رشته مهندسی مکانیک در دانشگاه آریامهر (شریف) مشغول به تحصیل گشت و در عین حال فعال دانشجویی شناخته می‌شد. در حالیکه در دهه ۴۰ خورشیدی تفکر غالب در جامعه، تفکر چپ‌گرا و ایدئولوژیک و انقلابی ‌گری بود عقاید وی بیشتر ملهم از آثار دکتر شریعتی و جلال آل احمد بود. در دوران دانشجویی، ساواک برادرش را که ارتشی بود احضار کرد و به وی اخطار داد. 

 مشکلات جسمی محسن سازگارا وی را مصمم به خارج شدن از کشور کرد و با پذیرش گرفتن از دانشگاه انستیتوی تکنولوژی ایلینوی به آمریکا رفت و در رشته مورد علاقهٔ خود، فیزیک نظری شروع به تحصیل کرد و همزمان جامعه شناسی را نیز در دانشگاه بعنوان رشته دوم کهاد دنبال می‌کرد. در آمریکا وی با انجمن‌های اسلامی دانشجویان مسلمان همکاری می‌کرد و در دوره‌ای رهبری این تشکل را بر عهده داشت. وی در حالیکه کمتر از یک ترم به پایان واحدهای درسی‌اش مانده بود با تحریک دکتر ابراهیم یزدی به امام خمینی در فرانسه پیوست. در اقامتگاه امام خمینی وی به همراه تنی چند از دوستانش مسئولیت ترجمه سخنان امام خمینی را بر عهده داشت.(تعداد این مصاحبه‌ها ۴۳۳-۴۳۲ برآورد شده‌است) این گروه در همانجا فکر تشکیل سپاه (نیروی مردمی) را پایه گذاری کرده و گروههایی را برای آماده سازی جهت جنگهای چریکی به خاورمیانه (اغلب در لبنان) فرستادند. در ۱۲ بهمن سال ۵۷ محسن سازگارا در هواپیمای حامل امام خمینی بود.

در ۲۳ بهمن ۱۳۵۷ خورشیدی ، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی با ابتکار چنین افرادی ساخته شد . البته ، نام سپاه پیشنهاد مهندس توسلی بود .

وی ، بعد از سه ماه از تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ، با کناره گیری خویش ، به مدیریت رادیو منصوب شد . در زمان روی کارآمدن دولت آقای محمدعلی رجایی ، وی معاون سیاسی آقای محمدعلی رجایی گردید . همچنین ، محسن سازگارا ، به همراه بهشتی، محمدعلی رجایی، محمدرضا مهدوی کنی، محسن رضایی، بهزاد نبوی و تهرانی اعلامیه‌ای با عنوان «اعلامیهٔ ۱۰ ماده‌ای دادستانی» جهت خلع سلاح نیروها و احزاب مسلح تدوین کردند.

وی در سال ۱۳۶۱ ، به عنوان رئیس سازمان گسترش صنایع سنگین جمهوری اسلامی منصوب شد. بعد از مدتی کوتاه ، از این مقام کناره گرفت و به طور رسمی از حکومت خارج شد . وی تحصیلات دانشگاهی خود را در رشته تاریخ تا مقطع دکترا ، ادامه داد. پیش از این مقطع نیز ، مدتی رئیس هیات مدیره شرکت داده پردازی ایران بود .

مدیر مسئولی روزنامه جامعه از جمله فعالیتهای او در عصر اصلاحات است که به نوبه خود تحولی در عرصه مطبوعات بود و پس از مدتی توقیف گردید!

در طی سالهای بعد از انقلاب اسلامی وی دو بار به زندان رفت و در حالیکه در دانشگاه معتبر هاروارد در آمریکا مشغول به تدریس و تحقیق است ، بطور غیابی به شش سال حبس محکوم گردید. لازم به ذکر است در زندان اوین وی به اعتصاب غذا دست زد و توجه محافل سیاسی و حقوق بشری را به خود معطوف کرد.

محسن سازگارا در حال حاضر مدیر مرکز تحقیقات ایران معاصر در واشنگتن است.